医学论文的撰写方法，不单是一般文章的写作技巧和语言修辞，而是研究方法和研究过程在文字上的一种科学的表述和再提高，是撰写者在实际过程中知识广度和综合能力的体现，也是医学科学自身发展的结晶。医学论文的撰写一般分为资料的准备、构思、拟定提纲、拟写草稿、修改等过程。
㈠、资料的准备
首先是围绕问题收集资料和研究资料，虽然在课题研究或临床观察之前，已对有关资料和学术动态进行了搜集和分析，但是在撰写科研论文时仍要查阅大量有关文献，以作为对已掌握的文献的补充、有人作过统计，国内外多数科学工作者查阅文献的时间约占整个科研工作的三分之一，如果没有这些最新的参考文献，要想使论文达到新颖和独创性是不可能的。由此可见，查阅搜集文献在整个科研和写作过程中的重要性及必要性。
搜集资料的目的，是为撰写论文开拓思路，提供理论依据。因此在搜集资料时，应根据论文的需要，把与科研课题有密切关系并要引用的资料做好卡片，注明文献的出处、作者、题目、杂志名称、卷、期、页数、年代等，漏一不可。否则等到文章写好后，注明参考文献时才发现缺少项目，又得重新查找，白白浪费时间。
一般搜集资料分三步法：①根据研究课题选择检索工具；②确定检索方法；③查阅原始文献。搜集论文需要的文献资料应特别注意以下几方面的内容：①在方法上沿用前人的，或在前人的基础上加以改进的；②在理论认识上支持本文观点的；③前人研究的结论与自己文章所述不同，需要加以说明的；④前人对本文所研究的问题存在争议和正在探讨的。将这些资料搜集好后，编好序号，以备撰写文章时使用。
其次是对研究材料的准备工作，它包括对材料的取舍和整理，对实验观察数据资料的分析处理，合理选用适当的图、表和照片等等。这部分工作有时在试验结果分析时已经完成。
第三是提炼观点，明确结果，提出结论。在上述准备工作完成以后，要根据有关文献资料和实验观察所得的资料，重新核对试验设计中所包含的思想，运用辨证唯物主义的观点，分析一下设计中哪些观点在理论上成立，而在试验中得到证实；哪些观点在试验中没有得到证实或未完全证实，需要修改；哪些现象和指标超出原来设想，而且可能有新的启示，需要进行新的分析。通过对试验材料的分析，提炼出试验材料能说明的观点和能得到的结果，提出结论，使试验材料和理论认识充分结合起来。
通过以上的准备工作，使理论和实践达到充分的统一，从而提高论文的水平。
㈡构思
构思是对整个文章的布局、顺序、层次、段落、内容、观点、材料、怎样开头和结尾的思维，构思是写文章不可缺少的准备过程，构思时文章的主题中心要明确，用以表现的材料要充分、典型、新颖，结构上要严谨、环环相扣，只有潜心构思，才能思路流畅，写好提纲和文章。
㈢拟定提纲
撰写论文之前，应先拟定提纲作为全文的骨架，使其形成结构，疏通思路的作用。拟定提纲，一方面可帮助作者从全局着眼，明确层次和重点，文章才写得有条理，结构严谨。另一方面，通过提纲把作者的构思、观点用文字固定下来，做到目标明确，主次分明，随思路的进一步深化，会有新的问题、新的方法和新观点的发现，使原来的构思得到修改和补充完善。
提纲是论文的轮廓，应尽量写得详细一些，提纲的拟写多采用标题式和提要式两种。
标题式提纲，以简明的标题形式把文章的内容概括出来，用最简明的词语标示出某部分或某段落的主要内容，这样既简明扼要，又便与记忆，是医学科研工作者常用的写作方法。例如实验研究型论文提纲通常用以下结构：
题目：……
１、课题对象：
①课题的提出；
②研究的目的。
２、材料与方法：
①实验目的、原理、条件、仪器和试剂；
②实验方法：分组情况，观察指标，记录方法；
③操作过程；
④出现问题和采取的对策。
３、结果与分析：
①结果；
②统计学处理；
③结果的可信度；
④再现性。
４、讨论（结论）。
５、参考文献
提要式提纲，是在标题式提纲的基础上较具体较明确提要式地概括出各个层次的基本内容，实际是文章的缩写。
以上两种提纲形式，可根自己的写作习惯选用，无论选择那一种，其目的在于启发写作的积极性和创造性。在实际的写作过程中作者应做到既有纲可循，但又不拘泥于提纲，尽可能地拓宽思路，才能写出好的论文。
㈣、拟写草稿
拟写草稿就是根据提纲，把要写的内容依次连接起来，把实验数据和资料进行归类分析。它是对论文内容和形式的再创造过程，也是论文写作最重要的阶段。
草稿的拟写方法有多种，实验研究论文的撰写多采用顺序写作法，即按照医学论文的规范体例或提纲顺序阐述自己的观点，分析实验数据。也可采用分段写作法，此种写作法多是作者对论文的中心论点已经明确，或提纲已形成，但对某一层次的内容没有把握或没有考虑成熟，而暂放一下，可先写好已经成熟的段落内容，待内容成熟或进一步实验后再写作，这样不受顺序的先后限制，采取分段写作，最后依次组合而形成初稿。完成全文后，需进行前后对照检查，使全文风格一致，层次清楚，衔接紧凑，这种写法最好每次完成一个完整的部分。
㈤、修改
修改是论文写作中不可缺少的工作。无论是初写者还是经验丰富的作者，在初稿完成后都要经过一番审读、推敲、修改才能定稿。有人认为完成初稿只是完成写作的一半工作。作者把自己的科研成果以论文的形式表达出来，并不是一件容易的事情搞科研费心事，写作费心事，修改更费心事。修改是对初稿内容的进一步深化和提高，对文字进一步加工和润色，对观点进一步订正。
修改过程中应注意以下几个方面的内容，即文题是否相符；论点是否鲜明；论据是否充分；论证是否严密；布局是否合理；结论是否科学客观；用词是否符合医学术语；文稿是否符合医学论文写作规范或稿约要求；标点符号应用是否正确；有无错别字等等。有时，由于作者自己的思路有一定的局限性，可能对文章的某些问题认识不足或对初稿的偏爱，一时难以对文稿恰当的增补和删减，为了保证质量，还要请内行专家修改或提出意见，这样才能使文章质量更高。
